О том, что стало с флотом тамплиеров, известно немного. Есть сведения о том, что 12 октября 1307 года (за день до пятницы 13-го) 18 кораблей тамплиеров находились в порту Ла-Рошель во Франции. Но на следующий день флот исчез.
В попытке решить проблему с тамплиерами Климент V созвал Венский собор в 1312 году. Из-за отсутствия достоверных улик большинство отцов-соборников пришли к выводу, что обвинения необоснованны. Тогда папа своим именем издал буллу Vox in excelso о роспуске ордена. Тамплиеры должны были получить пенсию, а их имущество — перейти к госпитальерам.
Окончательное решение было принято 18 марта 1314 года, когда Филипп IV приказал казнить через сожжение Жака де Моле и Жоффруа де Шарне как еретиков, вернувшихся к своим заблуждениям. В конце жизни они оба набрались смелости и решительно отвергли обвинения в адрес ордена. В 1312 году, после Венского собора и под сильнейшим давлением со стороны короля Филиппа IV, папа Климент V издал указ о роспуске ордена. Но поскольку орден существовал за одиннадцать лет до признания его Папой Римским (он был основан в 1118 году, а признан Папой в 1129 году на соборе в Труа), Папа имел право лишь лишить его церковного признания.
Многие короли и дворяне, до тех пор поддерживавшие рыцарей, в конце концов уступили и распустили ордена в своих владениях в соответствии с указом Папы Римского. Большинство из них не проявляли такой жестокости, как французы. В Англии многие рыцари были арестованы и предстали перед судом, но их не признали виновными. Папа Римский передал большую часть имущества тамплиеров за пределами Франции рыцарям-госпитальерам, и многие выжившие тамплиеры были приняты в орден госпитальеров.
В Хорватии Августин Казотич, епископ Загребский в 1303–1322 годах, во время своего правления продолжал предоставлять тамплиерам убежище в их резиденции в Новой Веси.
На Пиренейском полуострове, где король Арагона был против передачи наследия тамплиеров госпитальерам (как того требовал Климент V), имущество тамплиеров перешло к ордену Монтесы. Орден продолжал существовать в Португалии, просто сменив название на Орден Христа. Считается, что эта организация внесла свой вклад в первые морские открытия португальцев. Например, принц Генрих Мореплаватель возглавлял португальский орден в течение двадцати лет до самой своей смерти.
Даже после того, как тамплиеры влились в другие ордена, остается открытым вопрос о том, что стало с десятками тысяч тамплиеров по всей Европе. У них было 15 000 «домов тамплиеров» и целый флот. Даже во Франции, где были схвачены и арестованы сотни тамплиеров, это был лишь небольшой процент от примерно 3000 тамплиеров, проживавших во всей стране. Кроме того, так и не был найден обширный архив тамплиеров с подробными записями обо всех их деловых активах и финансовых операциях. Согласно папской булле, архив должен был быть передан госпитальерам, но их библиотека была уничтожена в XVI веке турецкими захватчиками.
Некоторые ученые полагают, что некоторое количество тамплиеров бежало в Швейцарские Альпы. Есть записи о швейцарских крестьянах примерно того времени, которые внезапно стали очень искусными военными тактиками. Атаку возглавил австрийский король Леопольд I, который пытался взять под контроль перевал Сен-Готард с силами в 5000 рыцарей. Его отряд попал в засаду и был уничтожен группой из примерно 1500 швейцарских крестьян. До этого момента у швейцарцев практически не было военного опыта, но после той битвы они стали известны как закалённые в боях воины. В некоторых народных преданиях того времени рассказывается о «вооружённых белых рыцарях», которые приходили на помощь швейцарцам в сражениях. Возможно, именно так в кантонах (провинциях) Швейцарии появилось тайное «Братство» тамплиеров. Это объясняет, почему на швейцарском флаге изображён символ тамплиеров на красном фоне. И это объясняет, почему швейцарцы внезапно заняли место тамплиеров в качестве европейских банкиров. Влияние тамплиеров прослеживается в гербах швейцарских кантонов и даже в названиях некоторых швейцарских городов, например Сиона.
В Шотландии, после того как тамплиеры сыграли важную роль в победе шотландцев в битве при Бэннокберне 24 июня 1314 года, Роберт Брюс объединил тамплиеров и госпитальеров в новый Орден Храма и Святого Иоанна. Есть свидетельства, подтверждающие слияние шотландских тамплиеров с Орденом Святого Иоанна Иерусалимского. Имуществом тамплиеров в Шотландии продолжали управлять отдельно до тех пор, пока сэр Джеймс Сэндиленд не сложил с себя полномочия прецептора и не передал имущество ордена в обмен на наследственное баронство Торпичен 24 января 1563 года. Говорят, что после этого рыцари избрали своим преемником Дэвида Сетона и массово перебрались в Германию, где Сетон умер в 1581 году в Регенсбурге. По всей видимости, на этом история ордена в Шотландии закончилась. Однако важно отметить, что в начале XIV века великий магистр Жан Марк Лармениус объявил братьев, живших тогда в Шотландии, раскольниками.